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銅銀離子滅菌器由主機和副機（銅、銀電極室）兩部分組成。當水流過副機電極室，主機產生的低壓直流電能供給副機的電極，電極由兩個金屬陽極和兩個金屬陰極組成，電流通過時陽極會產生銅、銀離子并擴散到水中，使水得到凈化。銅、銀離子殺菌功能是由帶正電的銅銀離子和帶負電的細菌細胞相結合，銅銀離子穿透細胞壁與細胞內特定部位的DNA及RNA相結合，破壞細菌細胞的蛋白酶和呼吸酶，造成細菌細胞的溶解和死亡。試驗證明,0.4mg/L的銅離子和0.04 mg/L的銀離子及一定量的其它消毒劑聯合使用效果較好。由微型電腦控制器通過控制直流電流的大小來控制產生銅銀離子的數量；并設置時間控制極性轉換，防止電極不平等消耗，當兩電極已完全消耗盡時，更換一對新的電極便可繼續使用。
